Kronik hastalıklar ve bağışıklık sisteminin yetersizliği gibi bazı hastalıkları bulunan kişilerde; aşı ile önlenebilir hastalıkların ortaya çıkması, bu hastalıkların daha uzun sürmesi, hastaneye yatış gerektirmesi veya ölümcül seyretme olasılıkları daha yüksektir. Aşı ile önlenebilir hastalıkların riskinin yüksek olduğu bu hastalıklar aşağıda verilmiştir. Bu gruptaki kişilere aşı uygulamaları ücretsiz olarak sağlık kuruluşlarında yapılmaktadır. 

Pnömokok aşısı uygulaması önerilen hastalıklar:

• Kronik kalp hastalığı (özellikle siyanotik konjenital kalp hastalığı ve kalp yetmezliği)
• Kronik akciğer hastalığı (astım hastaları dâhil)
• Kronik böbrek yetmezliği 
• Kronik karaciğer hastalığı 
• Diabetes mellitus 
• BOS kaçağı
• Kohlear implant
• Orak hücreli anemi ve diğer hemoglobinopatiler 
• Fonksiyonel ya da anatomik aspleni, (dalağın bulunmaması)
• HIV enfeksiyonu
• Nefrotik sendrom
• Bağışıklık sistemi baskılanmış kişiler, 
• Radyasyon tedavisi ya da bağışıklık sistemini baskılayıcı tedavi verilen hastalıklar, 
• Doğuştan ya da sonradan ortaya çıkan bağışıklık sistemi yetmezlikleri
• Hodgkin hastalığı ve kötü huylu kanserler, lenfoma, lösemi, yaygın kanserler, 
• Solid organ nakli
• Hematopoetik kök hücre alıcıları
• Multiple miyelom
• Alkolizm

Hepatit Aaşısı uygulaması önerilen hastalıklar/durumlar:

• Kronik karaciğer hastalığı 
• Kronik Hepatit B enfeksiyonu
• Kronik Hepatit C enfeksiyonu 
• HIV/AIDS
• Pıhtılaşma bozukluğu olanlar
• Solid organ ve kemik iliği nakli adayları ve alıcıları
• Eşcinsel/biseksüel erkekler

Hepatit B aşısı uygulaması önerilen hastalıklar/durumlar:

• Hemodiyaliz hastaları 
• Solid organ ve kemik iliği nakli adayları ve alıcıları,
• Sık kan ve kan ürünü kullanmak zorunda kalan kişiler 
• Madde bağımlıları 
• Hepatit B taşıyıcılarının aile içi temaslılardan aşısız olanlar 
• Çok sayıda cinsel eşi olan ve para karşılığı cinsel ilişkide bulunan kişiler
• Eşcinsel/biseksüel erkekler
• Hepatit B dışında kronik karaciğer hastalığı olan kişiler
• Cezaevlerinde ve ıslahevlerinde bulunan hükümlüler ve çalışanlar
• Piercing, kalıcı dövme yaptırmayı planlayan kişiler 
• Kazalarda ve afetlerde ilk yardım uygulayan kişiler
• Bu risk gruplarının dışında, hekimin yüksek risk nedeniyle aşı uygulanmasını uygun bulduğu kişilere sağlık kuruluşlarında aşı uygulaması yapılmalıdır.

Kızamık- Kızamıkçık- Kabakulak (KKK) aşısı uygulaması önerilen hastalıklar:

• Hematopoetik kök hücre alıcısı olan bireyler
• HIV/AIDS hastaları
• Solid organ nakli planlanan kişiler

Hib Aşısı uygulaması önerilen hastalıklar:

• Splenektomi/aspleni (dalağın bulunmaması)
• Orak hücreli anemi
• BOS kaçağı
• Kök hücre nakli 

Suçiçeği aşısı uygulaması önerilen hastalıklar:

• Akut lenfoblastik lösemi hastaları 
• Hematopoetik kök hücre alıcısı olan bireyler
• Altta yatan hastalığı nedeni ile immünmodülatör (anti-TNF’ler gibi) tedavi kullanacak olan kişiler
• Solid organ nakli olan kişiler

İnaktif Çocuk Felci aşısı (İPA) uygulaması önerilen hastalıklar:

• Hematopoetik kök hücre nakli yapılan kişiler

Meningokok aşısı uygulaması önerilen hastalıklar:

• Kompleman yetmezliği 
• Splenektomi (dalağın alınması) planlananlar ve uygulananlar
• Orak hücreli anemisi olanlar 
• Kronik inflamatuar hastalığı nedeni ile immünmodülatör tedavi kullananlar 
• BOS kaçağı olanlar
• Eculizumab kullanımı (Sağlık Uygulama Tebliğinde geri ödeme kapsamına alınması önerilmiştir)